העלילה מספר על החלק השני של סדרת המנגה והאנימה נארוטו, שמה נארוטו:שיפו-דן (נארוטו:מסעות ההוריקן) נוכחת גם במנגה של נארוטו וכן גם באנימה, אחרי שנתיים וחצי שנארוטו עזב את הכפר עם ג'יראיה למטרות אימונים (החלק השני של פרק 220 באנימה) מתחיל החלק הנ''ל.
הסיפור החדש ישן מדבר על הרפתקאותיהם החדשות של אוזומאקי נארוטו והארונו סאקורה וכן רבים אחרים בחיפוש אחר סאסקה שעבר אל אורוצ'ימרו כדי לרכוש את כוחו. כמו כן בסיפור נחשפות דמויות ראשיות חדשות(שאת חלקן עדיין לא הראו באנימה) בחלק זה האקטסוקי מתחילים לפעול כדי לממש את משימתם ללכוד את כל השדים בעלי הזנבות. בחלק הזה הדמויות שהכרנו מהחלק הקודם גדלו ונעשו בוגרות יותר, עדיין עברו שנתיים וחצי לא? תלבושות חדשות, העלאה בדרגה - כל הדמויות שהכרנו הועלו לדרגת צ'ונין ואפילו נג'י, קנקרו וטמארי נהיו ג'ונינים, הפתעה גדולה! גארה הפך להיות הקאזהקאגה של כפר החול הנסתר. הדמויות כולן התחזקו בכוחן ולמדו טכניקות חדשות ומלהיבות. גילוי פרטים על חלק מהדמויות שלא ידענו מהעבר נחשפים.
תקציר: נארוטו פאן