היא מתרחשת אחרי סופו של הסרט הראשון וחיסול שאנג-צונג. על מנת להילחם בפלישותיו הקטלניות מתארגנת קבוצת "הלוחמים הנבחרים" שהם: לו קאנג, הנסיכה קיטאנה, ג'אקס, זאב לילה,סוניה בלייד וקרבי סטרייקר. הם מייסדים את "סוכנות הבילוש של העולם החיצון" ומבצעיהם סודיים ביותר. מטרתם להגן על כדוה"א מהשפעתו ההרסנית של שאו-קאנג תחת הדרכתו של ריידן אל הרעם. הם ילמדו כי על מנת להגן על עצמם הם יצטרכו קודם כל להתעמת עם פחדים מעברם. הם גם יבינו כי בחיו של מי שמאמין בעצמו- הכול יכול לקרות. כל אחד מהם צריך לקחת אחריות על מעשיו ולראות שיש הבדל ברור בין טוב לרע ורק מי שיבחר לנהוג בצורה מכובדת ולהיות לצד הטובים, יוכל להצליח בכל מעשיו.