הארי פוטר (דניאל רדקליף) וחבריו רון (רופרט גרינט) והרמיוני (אמה ווטסון) חוזרים לשנה שלישית בהוגוורטס, בית הספר לכישוף ולקוסמות, שם הם נאלצים להתעמת עם הפחדים הכי אפלים שלהם, כשהם נתקלים באסיר שברח ובכוחות אסורים הנשלחים להגן עליהם. בתחילת הסרט, אנו מוצאים את הארי בן ה-13 מעביר באי רצון קיץ נוסף בחברת הדרסלי'ס, קרובי משפחתו המדכאים, ולדאבונו הרב "מתנהג יפה" ונמנע מלעשות קסמים. כל זה נכון עד שמגיעה לביקור אחותו המפחידה של דוד ורנון, דודה מארג'. מאז ומתמיד לא היתה דודה מארג' חביבה במיוחד כלפי הארי והפעם היא דוחקת אותו לפינה כל כך חזק, עד שב"טעות" הוא גורם לה להתנפח כבלון מפלצתי ולהתעופף. מחשש לעונש מדודו ומדודתו (ומההשלכות של המעשה בהוגוורטס ובמשרד הקסמים, האוסרים להשתמש בכישופים בעולם "הרגיל"), נמלט הארי אל תוך הלילה. כלי רכב סגול בעל שלושת המפלסים אוסף אותו במהירות ומביאו לפאב "הקלחת הרותחת", שם הוא פוגש בשר הקסמים, קורניליוס פאדג', שבאורח מוזר אינו מעניש אותו על מעשה הכשפים שביצע ותחת זאת עומד על כך שיבלה את הלילה במקום לפני שהוא שם פעמיו חזרה להוגוורטס. מתברר שהסיבה בגללה פאדג' אינו משעה את הארי היא הימלטותו של קוסם מסוכן בשם סיריוס בלק מכלא אזקבאן, וההשערה שהוא מחפש אחרי הארי (האגדה מספרת שסיריוס בלק הוא זה שהוביל את הלורד וולדמורט להוריו של הארי, אחראי למותם וכעת נחוש בדעתו להרוג גם את הארי); מכאן שהמקום היחידי הבטוח עבורו הוא הוגוורטס. כאילו שהמצב אינו גרוע דיו, הוגוורטס מארחת את שומרי אזקבאן, הסוהרסנים, שינסו להגן על הארי ועל בית הספר מפני סיריוס בלק. הם מוצצים את הנשמה מהטרף שלהם ולמרבה הצער, הארי חש שמשום מה הם נמשכים אליו. נוכחותם מבשרת הרע מפחידה את הארי ומשאירה אותו חסר אונים, עד שפרופסור לופין, המורה החדש להתגוננות מפני כוחות האופל, מלמד את הארי כיצד להשתמש בכישוף "פטרונוס" כדי לגונן על עצמו מפני הפגיעה המשתקת של הסוהרסנים.