הצבים חוזרים להילחם באויבם המושבע שרדר, ששוכר את שירותיו של המדען ד"ר בקסטר סטוקמן לייצר עבורו צב נינג'ה משלו, אך בתהליך משבט בטעות את רוקסטדי ובי-בופ, הקרנף וחזיר היבלות הידועים לשמצה. בינתיים בניו יורק פלישה של חייזרים ובראשם קרנג הרשע מביאה את הצבים לחבור לחבריהם האנושיים להילחם יחדיו.