הסרט "האויב שבפנים: פרק הסיום" ממשיך היכן שהסתיים הפרק הקודם בסדרה - "האויב שבפנים: הגמול". אליס (מילה ג'ובוביץ') הניצולה היחידה של מה שהיה אמור להיות הקרב הסופי של האנושות נגד הזומבים. כעת, היא חייבת לחזור למקום שבו הסיוט התחיל, היכן שהתאגיד צובר כוחותיו למכת המחץ נגד הניצולים הבודדים של האפוקליפסה.