כשנה לאחר משימת סטארגייט הראשונה לאבידוס, נפתח השער שוב מבחוץ, ומגיע דרכו צוות תקיפה חוצני, בראשותו של חייזר בעל עיניים זוהרות. הם הורגים 5 מחיילי הבסיס וחוטפים חיילת אחת. חיל האוויר האמריקני מרכיב צוות חדש בראשותו של קולונל ג'ק או'ניל (ריצ'ארד דין אנדרסון), היוצא לאבידוס בחיפוש אחר החיילת החטופה.