סקובי דו וחבריו נוסעים ליפן כדי לפתור תעלומה גדולה,בכך שהם פותרים את העלומה הם עוברים את כל אסיה ויפן.בדרך הם פוגשים את הסמוראי השחור שרק מחכה לנקום את נקמתו בסקובי דו וחבריו,ובכך הסמוראי השחור והנינג'ות שלו מחפשים כמו בקובי דו וחבריו את חרב הגורל,חרב אשר מחזיקה בתוכה כוחות אדירים.