עלילת הסרט מתרחשת בקיץ 1995, כשבע שנים מהנקודה בה הסרט הקודם הסתיים. הסרט עוקב אחר סמנתה דארקו (מגולמת על ידי דבי צ'ייס), אחותו הקטנה של דוני, אשר כעת בת 18. מותו הטרגי של אחיה השפיע רבות על סמנתה ומשפחתה. סמנתה מבלה את רוב זמנה הרחק ממשפחתה לצד חברתה הטובה קורי (בריאנה אוויגאן). השתייים מחליטות לנסוע לחופשה בלוס אנג'לס, אבל לאחר שהרכב שלהם מתקלקל באופן בלתי צפוי, השתיים מוצאות את עצמן בבית קטן ונטוש בלב המדבר. בהמשך, לאחר שמטאוריט מתרסק בקרבת מקום, סמנתה נתקפת בחזיונות מוזרים.