עלילת הסרט מתרחשת בשנות השלושים של המאה התשע עשרה בעיירה קטנה בדרום
ארצות הברית לפני ביטול העבדות. העלילה מתחילה זמן קצר לאחר סיום המאורעות המתוארים בהרפתקאות תום סויר.
אביו השתיין של האקלברי פין חוזר לעיירה לאחר שנודע לו כי האקלברי התעשר. לאחר שהאקלברי מסרב לתת לו את כספו, חוטף אותו אביו וכולא אותו. האקלברי בורח וגורם לבריחתו להיראות כאילו נרצח על ידי כנופיית פושעים. הוא שט על רפסודה לאי הקרוב לעיירתו, שם הוא פוגש את ג'ים, עבד שחור שברח מגבירתו. בשל צירוף המקרים של רציחתו של האקלברי ובריחתו של ג'ים העיירה משתכנעת שג'ים רצח את האקלברי. ג'ים והאקלברי יוצאים למסע של בריחה וגילוי עצמי על גבי רפסודה לאורך נהר המיסיסיפי.