קורנליוס וזיירה, זוג הקופים המדענים מתוך שתי הסרטים הראשונים, נמלטים מהכוכב שלהם באותה החללית אשר שימשה את טיילור במהלך הסרט הראשון וחוזרים בזמן למאה ה-20 ללוס אנג'לס. שם הם מתקבלים בהתחלה בהתעניינות רבה, אך במהרה הם נרדפים באופן דומה לאופן בו טיילור נרדף בכוכב הקופים בסרט הראשון. בהמשך, קורנליוס וזיירה לומדים מה יהיהה רצף האירועים אשר יובל ליצירת עולמם.