אש וחבריו ברוק ודון(שחר, דמות חדשה) מגיעים לעיר אלמוס בכדי להשתתף בתחרות פוקימונים. בדרכם הם פוגשים באליס, ילדה מקומית שמטיסה בלון פורח ושורקת לפוקימון בעזרת עלה.
בנתיים, פלקיה, הפוקימון השלוט במרחב ודיאלגה, הפוקימון השולט בזמן, נערכים לקרב מימדי
שיביא חורבן העל העיר אלמוס. מי שיכול להחזיר את העיר למצבה המקורי הוא הפוקימון דארקראי
שנחלץ לעזרתם.
העיר אלמוס שבסרט נוצרה בהשראת ברצלונה בספרד: כנסיית המשפחה הקדושה הלא גמורה של האדריכל הגאוני גאודי ופארק גואל שהקים בעיר.