איי גלאפאגוס מהווים מיקרוקוסמוס מרתק לכוכב שלנו והם ביתם של כמה מהיצורים המדהימים ביותר שניתן למצוא על פני כדור-הארץ: איגואנות שוחות בים כמו דרקונים, ינשופים קצרי אוזניים פוסעים חרישית לאור יום לצד יסעורים וצבי ענק ששוקלים יותר מ-250 ק"ג מרימים קולם מעל שדות לבה. אלף קילומטרים מערבה מאקוודור, בנקודה בה מתאחדים ארבעה זרמי אוקיינוס עיקריים, הרי געש תת-מימיים מסיביים שוברים את פני האוקיינוס השקט. חוקרים מוקדמים נהגו לכנות את האיים הללו, שנראים שלא מן העולם הזה, 'האיים המכושפים'. אבל, עם הזמן הם הפכו להיות מוכרים כ-'גלאפאגוס', 'האיים של הצבים'.
בעזרת צילומים באיכות גבוהה שנעשו מהקרקע, הים והאוויר, ועם שילוב של פני השטח הדרמטיים וההתנהגות האינטימית של החיות, שחזורים מחדש ותמונות לוויין מהממות, הסדרה השאפתנית הזו מציגה את הדיוקן השלם ביותר שאי פעם נעשה על האיים המרתקים הללו.
גלאפאגוס חושף כיצד חיות הבר יזמו את הדרכים הכי מרתקות כדי להסתדר במצפה המרוחק, הגעשי וחסר המנוחה הזה, מדוע האיים הללו נחשבים לתיבת הראווה המרתקת של האבולוציה, ואת הכוחות העזים שמשפיעים על האיזון העדין של החיים.