המעיין הוא סיפורם של שלושה גברים: הראשון הוא ד''ר תומי קריאו (יו ג'קמן), מדען בן ימינו, שמחפש נואשות אחר תרופה לסרטן שהורג את אשתו איזי (רייצ'ל וייס). השני הוא תומאס (שוב ג'קמן), קונקיסטדור בן המאה השש עשרה שיוצא ל''עולם החדש'' כדי להביא למלכת ספרד (שוב וייס), את עץ החיים האגדי ועימו חיי נצח. אי שם בעתיד הרחוק, נזיר (ג'קמן, הפעם בקרחת) חוצה גלקסיות בדרך אל ג'יבאלבה, ערפילית גוועת שהיא גם העולם הבא במיתולוגיה של בני המאיה.