אדוארד אלריק הוא אלכימאי לאומי שחוצה את השער בין העולמות כדי להחזיר את אחיו אלפונס לחיים ומגיע לעולמנו שלנו, בעודו משאיר את אחיו מאחור. הוא משתקע בגרמניה בשנת 1923 של המאה הקודמת, 10 שנים לפני שהמפלגה הנאצית עלתה לשלטון, וחי כבתוך חלום, מנסה למצוא דרך שתחזיר אותו הביתה. הוא מתחבר לאלפונס, צעיר חולני שדומה במראה ובשם לאחיו מן העולם ההוא ומנסה לבנות טיל שיגיע לחלל, לנועה, נערה צועניה היכולה ללמוד לראות את עברם של אחרים, ולברנש מסתורי שמציג את עצמו בתור ד"ר מאבוזה. ביחד הם נסחפים אל תוך קנוניה הנרקחת על-ידי אגודה מסתורית המקורבת למפלגה הנאצית, אשר עלולה לסבך את שני העולמות במלחמה הרסנית. הסרט הקולנועי "הכובש את שאמבלה" הוא אקורד הסיום המרהיב של סדרת הטלוויזיה "אלכימאי המתכת", והוא סוגר את כל הקצוות שנותרו פתוחים בסדרה, ובאותו הזמן מציג עלילה חדשה שיכולה לרתק גם את אלה שלא צפו מעודם בסדרה.