מספר דורות לאחר אירועי "כוכב הקופים: ממלכה חדשה", צצו שבטי קופים רבים בנווה המדבר שאליו הוביל סיזר את נתיניו, בעוד שבני האדם נסוגו חזרה למצבם הפרה-היסטורי. פרוקימוס סיזר, אחד ממנהיגי שבטי הקופים החדשים, מעוות את תורתו של סיזר ומנצלה על מנת לשעבד שבטי קופים אחרים, תוך חיפוש אחר עקבותיה האחרונים של טכנולוגיה אנושית חשאית; מנגד, נואה קורנליוס, קוף שימפנזה צעיר, יוצא למסע בחיפוש אחר חירות למין הקופי לצדה של נערה אנושית בשם מיי.