בעקבות שרביט מסתורי שקנתה אפריל לספלינטר, ארבעת הצבים משוגרים אחורה בזמן ליפן הפיאודלית (לשנת 1593) ומסייעים לכפריים להילחם מול שליט מרושע. לצד השליט עומד סוחר אמריקני המצייד את חייליו ברובים ותותחים. על הצבים להציל את אפריל שנחטפה, לסייע לכפריים המורדים ולאתר את השרביט שאבד להם בזמן המלחמה, כדי לחזור להווה. אך ארבעת הצבים מסתגלים מהר מאוד ליפן העתיקה: לאונרדו מתאחד עם מורשת הנינג'יטסו וקרבות הסמוראים, רפאל העצבני מוצא שלווה ואילו מיכאלאנג'לו מתאהב בנערה כפרית המנהיגה את המרד.