כשבנות משפחת ג'פריס, מייסי בת ה-13 וג'יסי בת ה-16 עוברות לבית ספר חדש באמצע שנת הלימודים, הן נתקלות בהרבה גבות מורמות על המעבר המוזר והחריג. ובפרט כשאימם המגיעה איתם ביום הראשון, עם תינוק שכביכול נולד לה מתוך שגעון שלקראת גיל המעבר. יועצת בית הספר, דונה קופר, המתקשה להסביר לבני הנעורים את הסיכון והאחריות בקיום יחסי מין, מגלה להפתעתה שהאם האמיתית של התינוק במשפחת ג'פריס, הינה ג'ייסי, דונה, אשר בעצמה מתקשה להרות, מגלה עניין ומעורבות אישית בנעשה. הסרט "אימא בת שש עשרה" מגיש באופן ישיר את מבט הנוער האמריקאי על יחסי מין ואחריות הורית, תוך הצגת סיפור אנושי ומרתק שירגש את הצופה עם דמויות הזוכות להזדהות מוחלטת.