במרכז סרט הפעולה והפעלולים החדש והמסקרן,"היטמן: סוכן 47" עומד רוצח על אשר הונדס בצורה גנטית מלכתחילה כדי שימלא תפקידו כמכונת ההרג המושלמת וזהותו מוכרת אך ורק על פי שתי הספרות הדיגיטליות המוטבעות מאחורי צווארו. הוא שיאו של מחקר שנערך במשך עשורים – וארבעים וששה סוכנים משובטים שקדמו לו - והתפתח למכונה חכמה, מהירה, ועוצמתית. מטרתו האחרונה היא תאגיד ענק המתכנן לגלות את סודות תכנונו של סוכן 47 כדי ליצור צבא של רוצחים המיומנים יותר ממנו. כדי לעצור את הגוף הזה הסוכן המהולל מצרף אליו בחורה צעירה האוחזת בידע כדי להתגבר על האיום הקיומי מצד האויבים, ובדרך הוא מגלה את שורשיו האמיתיים ומתעמת אל מול אויבו הקטלני ביותר.