"הבן של אלוהים" הוא סרט מסע שאליו יוצאים אב ובנו, הבן יהודה, מוזיקאי שחזר בתשובה ואביו ניצול שואה יווני שחי בישראל. באחד הימים, כשנשלח האב לטקס ערים תאומות ביוון, הוא מנצל את ההזדמנות ומנסה לחפש אדם שהציל אותו בזמן מלחמת העולם השנייה. למרבה ההפתעה בנו מחליט להצטרף עמו למסע, השניים שרויים בסכסוך עמוק מזה שנים רבות, ובכל זאת בהוראת הרב, מסכים הבן להצטרף למסע של אביו, כדי להתפייס עמו. אך עד מהרה, המסע הזה מעמת את האב עם יוון המרוסקת, המצויה על סף קריסה כלכלית, כל כך שונה מהארץ שנחרטה בזיכרונו. פותח לשניהם פצעים ישנים, ומכריח אותם לעשות משהו שנמנעו מזה שנים, להתעמת זה מול זה ולנסות לצמצם את הפערים שביניהם.