סרט המשך בסדרת "האויב שבפנים", שהופק בטכנולוגיית אנימציית מחשב. הסוכן המיוחד ליאון ס. קנדי מתגנב לתוך מדינה מזרח אירופאית קטנה כדי לוודא את השמועות, שמשתמשים בנשקים אורגניים ביולוגיים במלחמה. מיד לאחר ההסתננות, ממשלת ארה"ב פוקדת עליו לעזוב מידית. בעודו נחוש לגלות את האמת, ליאון מתעלם מהפקודות ונכנס לשדה הקרב כדי לשים סוף לשרשרת הטרגדיות שנגרמו ע"י הנשק האורגני.